הקבוצה הוקמה בשנת 1955 כאיחוד של ארבע קבוצות: הפועל נס ציונה, מכבי נס ציונה, בית״ר נס ציונה וכוכב הדרום, שהיו כולן קבוצות בליגות הנמוכות ולא הצליחו לבסס את מעמדן. המועדון שיחק בעיקר בליגות הנמוכות עד שבהמשך התפרק וחדל מלהתקיים בשל חובות ואי יכולת להעמיד תקציב. בשנת 2005 הקבוצה הוקדמה מחדש בתמיכת העירייה ובשנת 2009 הצליחה להעפיל לליגה הלאומית. בשנת 2019 עשתה הקבוצה היסטוריה והעפילה לליגת העל לראשונה אחרי 51 שנים (רצף ההיעדרות הארוך ביותר של קבוצה שהייתה בליגה הבכירה ושבה אליה), והשלימה עלייה של שתי ליגות בשתי עונות. בשנת 2020, ירדה הקבוצה חזרה לליגה הלאומית אחרי שהפסידה לקריית שמונה במשחק הירידה במחזור הסיום.